Het in 1878 geopende station van Bodegraven, kent een grote geschiedenis en veel gebeurtenissen.

Sinds het station op 15 oktober 1878 geopend werd aan de spoorlijn Woerden-Leiden, duurde het niet lang voordat het eerste stationsgebouw van Bodegraven al gesloopt moest worden. Bodegraven heeft namelijk een veengrond waardoor er ook veel verzakkingen zijn.En moest het stationsgebouw al in 1893 gesaneerd worden, in 1894 stond er een groter en bovendien beter gebouw. Máár ook het tweede stationsgebouw kende geen lange levensduur. In de nacht van 4 op 5 september 1911 maakte een kleine, maar zéér heftige brand een einde aan het tweede stationsgebouw. Slechts 32 jaar na de opening van het station heeft het station al veel te verduren gehad. Met man en macht werd het stationsgebouw echter weer herbouwd en in 1914 kon het weer in gebruik worden genomen. In de jaren '30 kwam er aan de westkant van het stationsgebouw een tamelijk grote goederenloods. Bodegraven staat bekend om haar kaas. Er was veel kaasexport  maar ook het opmerkelijke vervoer van levende (!) kippen naar Italië. De spoorlijn Woerden-Leiden, anno nu Utrecht-Leiden had vroeger meer haltes dan nu. Vroeger stopte men ook op Waarder, Zwammerdam, Hazerswoude-Koudekerk, Zoeterwoude en Leiden Witte Poort. Deze stations zijn rond 1935 gesloten, in dat jaar zijn veel stations in Nederland gesloten. In de buurt van Leiden Witte Poort, zo'n 1,5 kilometer terug, is op 18 mei 1961 een nieuwe halte geopend welke nog steeds intact is, Leiden Lammenschans. In 1996 werd de goederenloods gesloopt. Op deze plek is het toenmalige politiebureau gebouwd welke op 1 augustus 2012 haar functie verloor, het gebouw stond vervolgens drie jaar leeg, maar dient nu als het Zorgstation. In 2004 werden de loketten van het station gesloten en een jaar daarvoor al de wachtkamer. Sinds 2004 verloor het stationsgebouw echter haar functie. Máár in 2007 werd 'het Kookstation' geopend. In het Kookstation worden kookcursussen gegeven, het gebouw is compleet verbouwd en grotendeels in oorspronkelijke staat. Het loket etc. is allemaal nog terug te vinden.

Anno nu zijn er nog steeds plannen voor het station. Het station telt dagelijks ongeveer 3000 reizigers en in de spits puilen veel treinen uit vanwege de vele instappers op het hele traject, dus is een frequentieverdubbeling zeker geen luxe. In de 'Kijk op Bodegraven', een Bodegraafse krant, van 27 mei 2015, staat dat er vanaf 2020 een gedeeltelijke spoorverdubbeling en meer treinen moeten komen. Aangezien daar al jaren over wordt gepraat en lang niks van is gekomen, lijkt het nu wel erg vlotjes te gaan verlopen. In Bodegraven moet ergens wel dubbelspoor komen om de treinen te laten kruisen. Alle treinen in de dienstregeling van 2015 moeten normaliter kruisen op station Bodegraven en het passeerspoor tussen Zoeterwoude West en Zoeterwoude Oost. In de spits kruist men ook in Alphen aan den Rijn waar de sprinter uit Gouda door rijdt naar Leiden Centraal (spitsverbinding 19500, overdag en in het weekend Gouda-Alphen aan den Rijn (9500)). In Bodegraven komt aan de oostkant van het station een voetgangerstunnel, het overpad gaat dan verdwijnen. En de toegang van het station bij de Oud-Bodegraafseweg wordt verbroken. In 2020 moet er dan ook 4x per uur een trein gaan rijden tussen Utrecht Centraal en Leiden Centraal. Vanwaar twee InterCity's en twee sprinters. Tevens zijn er ook plannen om twee stations te gaan bouwen; Zoeterwoude-Meerburg en Hazerswoude-Koudekerk, daarover is nog niets helemaal zeker.  

Op de foto hierboven, het station op de zonnige zondag van 2 augustus 2015.