De spoorlijn tussen Woerden en Leiden heeft decennia lang ook gefunctioneerd als doorvoerlijn voor de goederentreinen die er vrijwel dagelijks reden. Van al die treinen kwam aan het eind van de jaren '70 van de vorige eeuw een einde. Alleen de trein naar het Alphense Electrolux rijdt tegenwoordig nog, maar deze rijdt via het Gouwelijntje en maakt kop op het station van Gouda.

Ook Bodegraven kende vroeger bedieningen. Op de voormalige - reeds opgebroken - laad- en losplaats werd een paar keer per week de kippentrein beladen voor deportatie richting Italië. Van Gend en Loos was gevestigd in de voormalige goederenloods aan de westzijde van het huidige stationsgebouw daterend uit 1914. Deze loods is in de jaren '90 van de vorige eeuw gesloopt en heeft plaats gemaakt voor een nieuw gebouw, dat diende als politiebureau tot 1 augustus 2012. Sinds maandag 7 maart 2016 heeft gebouw na meer dan drie jaar leegstand, een nieuwe functie. Het is nu het Zorgstation, alwaar een huisartsenpraktijk is gevestigd, meerdere huisartsen en een apotheek.